Евгений Панфилов родился 10 августа 1955 года в деревне Копачево Архангельской области. Там прошли его детство и юность. В 1974 году будущий хореограф был призван в вооруженные силы СССР. Евгений Панфилов служил в Группе советских войск в Германии. Там он увидел балет телевидения ГДР. «Пытался увиденное пародировать. Друзья уверяли: “Женя, ты танцуешь лучше, чем они”», – вспоминал в интервью хореограф через годы. После армии Евгений Панфилов отправился в Пермь.

В Перми он поступил в Пермский государственный институт культуры и уже в студенческие годы основал первый театральный коллектив – театр пластического танца «Импульс». 24 мая 1980 года Евгений Панфилов поставил с артистами «Импульса» свой первый балет – «Звезда и смерть Хоакина Мурьеты». За ним последовали другие балеты – «Калина красная», «Икар», «Жди меня».

В 1987 году Евгений Панфилов основал новый театральный коллектив – театра танца-модерн «Эксперимент», основой которого стали артисты, получившие профессиональную хореографическую подготовку. В 1992 году театр получил название «Балет Евгения Панфилова».

В 1990-е Евгений Алексеевич поставил ряд новых балетов, ставших визитными карточками театра, три раза удостоился премии «Арабеск», а в 2001 году получил «Золотую маску». Эту театральную премию он получил за спектакль «Бабы. Год 1945», которую хореограф поставил с экспериментальным коллективом своего театра – Балетом толстых.

В 2001 году Евгений Панфилов основал еще один экспериментальный театральный коллектив – Бойцовский клуб. В него вошли молодые люди без хореографической подготовки, но с хорошими физическими данными.

«Балет Евгения Панфилова» продолжает действовать после трагического ухода из жизни основателя. Продолжают танцевать ученики Евгения Алексеевича, а также новые артисты. Дочь хореографа Арина Панфилова основала экспериментальный театр, создала ряд оригинальных работ. В 2017 году ее постановка «Спящая красавица. Сцена за кадром» удостоилась II места и диплома жюри прессы на фестивале «Арабеск».

Личный фонд Евгения Алексеевича Панфилова открыт в архиве города Перми в 2017 г. Документы передала архивистам вдова хореографа Наталья Дмитриевна Панфилова. В их число входят биографические документы Евгения Панфилова, программы и афиши спектаклей, эскизы театральных костюмов, статьи в прессе о хореографе и его театре, а также фотографии, отражающие жизненный путь мастера – детство, служба в армии, репетиции спектаклей.